加拿大麦吉尔大学Anthony Bayega | 纳米孔全长cDNA测序揭示橄榄果蝇胚胎发育转录动力学
课程背景
近日，Oxford Nanopore Technologies联合探基平台为大家带来国内外研究者们利用纳米孔测序进行RNA研究的系列讲座。本次为大家带来加拿大麦吉尔大学Anthony Bayega主讲的第四期课程，内容涵盖使用纳米孔全长cDNA测序揭示橄榄果蝇胚胎发育转录组复杂性的信息。
第四期： 纳米孔全长cDNA测序揭示橄榄果蝇胚胎发育转录动力学
橄榄果蝇（Bactrocera oleae）是橄榄树栽培最重要的害虫之一，每年造成约 8 亿美元的损失。橄榄果蝇是一种二倍体生物，具有跨越6对染色体、大于 470 Mb的基因组，其中包括一对异染色质性染色体，雄性为异配性别。已知性别决定在胚胎发育的前6小时内开始，但发育中胚胎的转录动力学尚未被探索，雄性决定因素仍有待理解
3月10日，第四期纳米孔转录组研究课程即将上线。我们将为大家带来加拿大麦吉尔大学的Anthony Bayega及研究团队利用纳米孔全长cDNA测序的优势，探索发育中橄榄果蝇胚胎的转录组研究课程视频。该研究首次提供了关于橄榄果蝇胚胎转录组复杂性的信息，并展示了更好地理解性别决定在控制对经济有严重影响的农业害虫种群数量中具有的潜力。
Anthony Bayega
· 使用纳米孔cDNA-PCR测序试剂盒，在MinION测序仪上获得总共 3100 万条读长（每个时间点中位数为 420 万条读长），超过 50% 的表达基因具有至少一条全长读长。
· 用于探索母体-合子转变的绝对转录本数量定量：通过在cDNA合成阶段加入RNA标准（ERCC）确定绝对转录本数值，随后使用这些数值生成标准曲线，用来后续将每个胚胎转录本丰度的相对读长数转换为绝对读长数。该定量方法已经过qPCR检测对基因表达进行验证。
· 利用从成年雄性和雌性橄榄果蝇头部获得的长读长序列，研究人员得以进一步探索性别决定所涉及的基因异构体的复杂性。
· 使用纳米孔cDNA-PCR测序试剂盒，在MinION测序仪上获得总共3100万条读长。
· 利用纳米孔测序长读长数据进一步探索性别决定相关基因异构体的复杂性。
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注：Nanopore技术目前仅供研究使用。
本文由 SEQ.CN 作者：陈初夏 发表，转载请注明来源！
