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专访金准基因CTO安冬艳—距安捷伦SureSelect人全外显子V8上市倒计时2天

遗传因素是导致人类大多数疾病的“罪魁”,包括染色体异常、基因变异、表观异常等。目前,针对单基因遗传性疾病,基因疗法已经取得越来越大的成功,但领域内科学家仍然认为,体细胞基因编辑领域需要新的编辑、传递和生物系统,以便更好地衡量各种策略的安全性和有效性。治疗遗传性疾病的前提是要有明确的诊断,而在遗传病诊断层面,全外显子组信息很显然是目前较为准确且经济有效的手段。

与此同时,随着技术的不断改进,除了在遗传病方面的重要应用,全外显子组测序在癌症基因挖掘、肿瘤内异质性、克隆进化、转移复发等临床研究中都发挥了重要作用。而在有关全外显子测序的临床应用以及科学研究中,一款合适的工具显得尤为重要。

目前市场上外显子组测序试剂盒有很多款,其中安捷伦占有一席之地。早在2009年,安捷伦便推出了第一个全外显子组捕获试剂盒SureSelect Human All Exon V1,加速了新一代基因测序进入“全外显子时代”。同时,在过去的12年中,安捷伦推陈出新,不断改进升级全外显子组测序产品,陆续推出了V2~V7系列产品,为众多用户及合作机构提供优质的测序服务,推动临床医学及生命科学研究的发展。今年4月15日,安捷伦将重磅推出第八代人全外显子捕获试剂盒SureSelect Human All Exon V8,并在中国正式上市。

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借此机会,我们受邀采访了安捷伦合作方北京金准基因CTO安冬艳女士。金准基因成立于2015年,一直专注于遗传病的基因诊断服务,主要利用NGS辅助其他分子生物学方法,并结合生信、AI算法、信息化平台系统以及内部大数据,为临床遗传病提供综合的临床解决方案。采访中,安冬艳分享了其对外显子组测序的一些看法,并讲述了其使用安捷伦SureSelect全外产品的体验。总的来说,她认为,SureSelect Human All Exon V8的探针性能更高,具有更广的覆盖面和优异的检测性能,能够以低廉的成本更加高效的惠及更多患者。
以下是采访主要内容:

在谈及全外显子组测序技术的发展为临床疾病研究(尤其是遗传病)带来哪些转变时,安冬艳表示,随着测序价格的下降,外显子组测序已逐渐成为临床疾病诊治和研究的重要技术方法。外显子组测序在遗传病临床应用中具有很大的优势,主要体现在以下几点:首先是疾病的快速精准诊断,比如表型相似遗传异质性强的癫痫、发育障碍,高氨血症及尿素循环障碍疾病的分型等等;第二,提高了临床对遗传性疾病的认识,目前统计遗传病大概有7,000多种,其中很多是通过外显子组测序明确基因诊断后,才逐渐认识这些疾病;第三,人类包含2万多个基因,目前明确基因和疾病关系的大约4,000余个,仍有很多未知,因此外显子组测序是探索挖掘致病新基因的重要利器

临床应用也对外显子组测序产品提出了新的挑战,那么究竟有何特性的产品才能很好的应用到临床呢?安冬艳提出了四点:第一,捕获区域大小、捕获效率;第二,变异检出能力;第三,外显子层面的均一性;第四,随着数据库增加,能够涵盖非CDS区域但可能致病区域,比如UTR区域等

金准基因成立之初就与安捷伦展开了合作,包括从最初小Panel的制定,到2,700多个基因大Panel的使用,再到后来的临床全外显子。2017年,金准基因全方面使用安捷伦V6的全外显子芯片,距今已有5年多的时间。安女士说道:“双方一直有深度的合作,可以说安捷伦的外显子组产品伴随着我们公司的成长。”

那么究竟是什么原因使得金准基因一直青睐安捷伦产品呢?在聊到这一点时,安冬艳说:“我们使用外显子组测序产品是从小Panel到大Panel到全外,是一个不断升级的过程。在这个过程中,我们体会最深的就是安捷伦的产品质量稳定,且覆盖范围广。除了外显子区域,该产品对序列侧翼两边的内含子包括范围也相对比较广。”

安冬艳女士也分享了一个使她印象比较深刻的案例:临床上有一个患儿诊断为癫痫,但该患者最初的基因分析结果为阴性,通过与临床的反复沟通,高度怀疑结节性硬化症,而结节性硬化致病基因TSC1/TSC2,部分致病变异位于内含子区域。为此,他们又重新分析了该患者的测序数据,在TSC1区间内含子100多位的位置发现了一个变异位点,经过一系列的验证,发现改变异位点特征符合患儿的致病特点!

上述案例也体现了安捷伦全外产品的覆盖广、质量稳定性高的特点。覆盖面广可以保证检测序列更加全面,变异位点的检出率更高除了临床,科研对覆盖范围的需求更加全面,因此在科研服务中,金准基因也一直选用安捷伦的全外芯片。

目前,安捷伦人全外显子产品已经升级到第八代,安捷伦根据临床真实需求不断丰富升级芯片产品,与时俱进,这也符合金准基因对临床服务不断提升的目标。随着基因检测在临床应用越来越广泛,认可度也越来越高。从小panel到全外显子,反映了临床需求的不断升级,而安捷伦产品的升级不仅可以使临床患者受益,也会推进科学研究的进展。

使用SureSelect Human AII Exon V8产品之后,安冬艳女士说到:“金准基因主要专注于遗传病检测,V8的更新换代对我们应用层面影响主要有两方面,一是覆盖面更广,该产品应用了AI算法,探针更少,但覆盖面更广,所以其检测范围仍能高度满足临床的需求;二是数据库更新,因为数据量越来越多,我们对数据的挖掘也越来越深,V8数据库囊括了最新的基因数据,保证了临床需求。

安冬艳表示非常期待V8的上市,V8在原基础上做的更小,但探针性能更高,具有更广的覆盖面和优异的检测性能,能够以低廉的成本更加高效的惠及更多用户。

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本文由 SEQ.CN 作者:白云 发表,转载请注明来源!

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