全景变异分析（comprehensive genomic profiling, CGP）由于能够全面地评估肿瘤样品中的多个基因的多种类型变异并有效地评估复杂基因组标志物（如肿瘤突变负荷，tumor mutation burden等），已成为了肿瘤临床检测的趋势。但既往的CGP检测，包括美国FDA获批的CGP检测产品（如Foundation Medicine的F1CDx, 美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心的MSK-IMPACT）都高度依赖特定认证实验室的检测，无法实现去中心化。日前（2月24日），生物制药龙头默沙东（Merck & Co.）在The Journal of Molecular Diagnostics 杂志在线发表了基于一个全球标准化CGP试剂盒（Illumina TruSight™ Oncology 500，以下简称TSO 500）的TMB检测性能评估及与免疫检测点抑制剂药物帕博丽珠单抗（Keytruda，简称K药）药效关联性的研究。
该项研究首次利用药物上市注册临床研究样品，系统地对比了标准CGP试剂盒产品与经典实验室参考方法（F1CDx和WES）在TMB检测性能上的相关性，及对药物疗效预测的有效性。研究结果证实，即使是针对TMB这类复杂标志物，CGP试剂盒已经能够达到参考实验室的检测性能。这将意味着可赋能更多的临床实验室自行开展CGP检测，并保证检测结果在不同实验室、不同操作者间的准确性、可重复性、可比性。全球统一标准的CGP试剂盒，势将有效地推动NGS在临床应用的标准化，及检测渗透率提高，造福更多患者。
在这篇题为 “ Evaluation of the TruSight Oncology 500 Assay for Routine Clinical Testing of Tumor Mutational Burden and Clinical Utility for Predicting Response to Pembrolizumab ” 的研究中，团队对既往8个K药单抗单药临床试验（KEYNOTE-001、KEYNOTE-012、KEYNOTE-028、KEYNOTE-055、KEYNOTE-061、KEYNOTE-086、KEYNOTE-100、KEYNOTE-199）中入组的294例晚期实体瘤患者石蜡包埋（FFPE）样本，使用TSO500试剂和配套本地化分析软件获得各癌种样本的肿瘤突变负荷，并与两个广泛使用的参考方法（F1CDx与WES）进行相关性与一致性分析。在268例同时具有三种方法学检测数据的样本中，研究者发现当以10 mut/Mb（F1CDx和TSO 500）或175 mut/exome 作为高肿瘤突变负荷（TMB-H）阈值时，TSO 500与两种参考方法的检测值高度相关（Pearson 相关系数, 与F1CDx相比，r=0.98 95% CI [0.98-0.99]；WES相比，r=0.96, 95% CI [0.96, 0.97]）。进一步的ROC（receiver- operating characteristic）分析表明TSO 500检测获得的样本TMB状态（TMB-H 和non-TMB-H）与全球公认的F1CDx和WES检测获得TMB状态高度一致。（图1）
更重要的是，研究人员进一步结合样本既往临床试验数据对TSO 500 TMB的临床效用和K药的疗效预测进行了相关性研究。在这些泛癌种（包含非小细胞肺癌、头颈鳞状细胞癌、胃癌、卵巢癌、前列腺癌、三阴性乳腺癌等主要癌种）晚期实体瘤患者样本中，TSO 500提示的TMB值高低与K药疗效显著相关。在对K药疗效预测的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值、以及客观响应率等各项指标上，TSO 500检测方法与F1CDx和WES均相似。（ORR结果见图2）
图2
该研究使用的晚期实体瘤病人样本曾在KEYNOTE-158(NCT02628067) 临床试验中被用于建立F1CDx的TMB-H阈值（10mu/Mb）。作为一项单臂、开放标签，临床II期篮子研究，KEYNOTE-158确立了K药在初治或经治的790个样本（涉及11种实体瘤）中的疗效。（图3）
图3
除了帕博丽珠单抗，Illumina TSO 500在2020年发表于Lancet Oncology 的一项西米普利单抗（美国再生元公司生产）II期单臂临床试验（NCT02760498）中，也被采用对入组病人的肿瘤突变负荷状态进行评估。包括哈佛医学院、MD Anderson、华盛顿大学医学院等在内的美国、德国、澳大利亚多家临床机构研究人员，在入组的78位原位晚期皮肤鳞状细胞癌患者中发现患者TSO 500 TMB状态和西米普利单抗的临床治疗效果密切相关。（图4）
图4
默沙东开展的此项回顾性、与TMB经典参考方法头对头的研究进一步证明，以TSO 500为代表的CGP标准试剂盒，是可以有效地评估临床FFPE样本的TMB状态，并与以K药为代表的免疫检查点抑制剂药物的免疫疗效密切相关。在临床检测中，CGP标准试剂盒可为广大肿瘤患者，特别是TMB≥10mut/Mb的实体瘤病人提供免疫治疗的机会。
参考文献：
1.Marabelle A et al. Association of tumour mutational burden with outcomes in patients with advanced solid tumours treated with pembrolizumab: prospective biomarker analysis of the multicohort, open-label, phase 2 KEYNOTE-158 study. Lancet Oncol. 2020;21:1353-1365.
2.Migden MR et al. Cemiplimab in locally advanced cutaneous squamous cell carcinoma: results from an open-label, phase 2, single-arm trial. Lancet Oncol 2020; 21: 294–305.
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