随着新型治疗药物研发的快速发展以及临床多学科综合治疗模式的不断优化，二代基因测序（next generation sequencing，简称“NGS”）已成为肿瘤医生常用的检测工具。如何将通过NGS检测发现的肿瘤基因组变异信息，及时、准确地转化为临床医生可读取并可用于指导临床决策的信息，正变得越来越重要。
2022年4月8日，《肿瘤二代测序临床报告解读共识》暨第二次NGS全国调研项目启动媒体发布会在线举行。会议邀请了广东省人民医院吴一龙教授、广东省人民医院张绪超教授和燃石医学创始人兼CEO汉雨生先生与大家共同交流。会议期间，张绪超教授详细介绍了中国临床肿瘤学会（CSCO）肿瘤生物标志物专家委员会组织撰写的《肿瘤二代测序临床报告解读共识》（以下简称“共识”）。作为中国首个针对NGS报告解读规范化的共识性文件，《共识》结合临床典型实践与国内外NGS检测前沿，在2021年发布的《二代测序临床报告解读指引》（以下简称“指引”）基础上进行更新迭代，将进一步规范中国肿瘤 NGS 报告的临床实践，为广大患者的临床获益提供保障，引领中国精准医疗行业健康发展。
据悉，“共识”将于2022年4月底在《循证医学》杂志正式与大家见面，今天就让小编带大家提前揭开本次“共识”的核心亮点。
会上，张绪超教授详细解读《共识》的核心内容与亮点，并呼吁临床医生在实际应用中将《共识》融会贯通，结合患者的临床信息等多维度因素给出临床决策建议，让精准诊疗惠及更多患者。
相比于传统检测，NGS检测数据量大、报告信息庞杂，对临床医生NGS报告解读形成了阻碍。2019年，CSCO肿瘤生物标志物专家委员会发布了中国首个NGS临床应用调研，调研显示，NGS已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，但中国超90%临床医生需要NGS报告解读支持。
在此背景下，2021年在吴一龙教授的带领下，CSCO肿瘤生物标志物专家委员会携手临床分子病理学、分子生物学和生物信息学等多个领域的80余位专家组成NGS报告解读专家组编撰并发布了《指引》，首次为临床医生提供了NGS报告解读策略。随着技术的进步以及临床经验的不断积累，2022年，CSCO肿瘤生物标志物专家委员会携手150余位各学科专家，再次对《指引》进行迭代升级，旨在进一步规范NGS报告解读方法，提升临床专家报告解读能力，为患者带来更多的临床获益。
《共识》从临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读、NGS报告解读及临床决策和可报告范围及质量控制三个方面对NGS临床报告解读作以规范，并将典型的临床案例与国际指南、最新临床研究相结合，有效辅助临床医生在短时间内进行快速准确的判断，进而提高治疗效率与效果。
针对临床医生最为关注的NGS报告解读及临床决策，《共识》创新性地提供了决策树，帮助临床专家理解单个驱动基因以及多个驱动基因变异的差异，以及在临床不同的场景下的解决方案，准确地把这些关键性信息应用于临床。
同时，《共识》明确了一些重要的计算方法，如血液检测中肿瘤相关的靶点基因突变丰度、拷贝数如何计算等。通过这些计算方法，助力临床医生更好地选择与应用临床药物。
随着靶向药物的不断上市以及NGS检测技术不断进步，仅仅使用DNA检测已经无法满足所有的临床需求。纪念斯隆凯特琳癌症中心（MSKCC）大型回顾性数据表明，现有DNA测序检测为全阴性的患者中依旧有约14.2%的患者有重要的可用药靶点。为了让更多患者从精准诊疗中获益，《共识》增加了RNA测序的推荐，并纳入了融合变异、外显子跳读等变异形式的临床解读，对复杂变异形式提供解读指导，助力临床精准诊疗。
《共识》专业性与前沿性并存，在对国内外NGS检测热点进行认真分析、讨论和总结后，纳入了实体瘤微小残留病灶（minimal residual disease/molecular residual disease/measurable residual disease，MRD）及同源重组缺陷（homologous recombination deficiency，HRD）相关内容，为临床诊疗提供了新的参考依据和指导方法。
随着液体活检技术的突破，多个临床研究和行业共识已经探索并肯定了通过ctDNA检测的MRD在精准治疗中的应用价值，MRD检测正大步走入临床，如何正确解读MRD成为了临床焦点之一。洞悉临床趋势，《共识》纳入国际MRD主流检测技术方法及MRD检测的基本技术标准，为MRD检测临床应用提供指导建议，助力患者的全病程管理。
近年来，肿瘤基因组标签在肿瘤精准诊疗中的作用日益凸显。《共识》在详细解读肿瘤突变负荷（tumor mutational burden，TMB）及微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）这两个重要免疫治疗相关标志物标签的基础上，增加了TMB一致性检测的说明，助力临床规范解读TMB。
同时《共识》新增了HRD检测相关内容。HRD作为PARP抑制剂重要的疗效预测标志物在患者管理中发挥越来越重要的作用。《共识》介绍了HRD解读的要点，并引入了以美国食品和药物管理局（FDA）批准的HRD检测方法Myriad myChoice® CDx[1-2]。该方法通过BRCA 1/2的致病性变异状态及基因组不稳定评分（genomic instability score，GIS）评价HRD状态，报告解读已有较明确的标准。
值得一提的是，Myriad myChoice® CDx这一FDA批准的专利算法已由燃石医学独家引入并商业化。2021年11月，燃石医学myChoice™ HRD Plus已正式在中国上市，为临床使用PARP抑制剂治疗提供权威、可靠的指导，让更多的中国肿瘤患者从PARP抑制剂的治疗中获益。
相信随着《共识》的正式发布，也将进一步助推NGS报告规范化解读落地，为更多临床医生提供切实帮助和服务，势必在更广范围内助力NGS、MRD概念及优势普及，助力NGS各个环节规范化、智能化、数字化创新，为肿瘤精准医疗提供更多具有临床价值的支持。
参考文献：
[1]https://www.fda.gov/drugs/resources-information-approved-drugs/fda-approves-niraparib-hrd-positive-advanced-ovarian-cancer
[2]https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cdrh/cfdocs/cfPMA/pma.cfm?id=P190014S003
本文由 SEQ.CN 作者：白云 发表，转载请注明来源！
