近日，领先的三代测序解决方案开发公司PacBio和临床基因检测公司Ambry Genetics宣布，将与加州大学欧文分校（UCI）和GREGoR联盟（阐明罕见病遗传学的基因组学研究）合作，支持儿童孟德尔基因组学研究中心（PMGRC）的一个新项目，使用长读长测序技术在3年内对多达7000个人类全基因组进行测序和分析，并寻求对罕见疾病病因的新见解。该新项目是同类项目中最大的罕见疾病基因组测序项目之一。
世界卫生组织（WHO）将罕见病定义为患病人数占总人口的0.65‰～1‰之间的疾病或病变，目前已知的罕见病有7000多种，影响着全世界超过4亿人，平均每2000人中就有1人患病，但只有大约500种罕见病有获得批准的治疗方法。
据悉，此次的最新合作项目将采用多种方法，包括表型分析、变异鉴定以及编码和非编码序列改变的功能分析。通过使用高度精确的5-碱基长读长测序技术，研究人员希望发现新的罕见变异，并了解表观基因组学在疾病表现中的作用。利用这些基因组和表观基因组数据的新分析框架，该项目的目标是发现新的孟德尔基因变异，并更好地对以前发现的未知意义的变异进行分类。
PacBio的HiFi长读长测序能够准确检测所有类型的变异，具有高精度、高召回率和单倍型相位，甚至在基因组难以测序的区域，可提供99.9%准确率。该技术还具有文库制备简单、覆盖率要求低、组装快等优点，除全基因组测序、变异检测外，还可应用于de novo组装、表观遗传学表征、RNA测序等。
来源：PacBio官网
长读长测序超强的变异检测能力有助于将特定表型和致病变异相关联，这对罕见病，尤其是原因不明的罕见病而言，意味着获得明确诊断进而进行针对性治疗的新希望。未来，长读长测序很有可能成为罕见病遗传学中开展临床研究和诊断检测的强大一线工具。
早在2022年2月，加拿大多伦多病童医院SickKids宣布将采用PacBio的HiFi长读长测序技术作为诊断工具，以识别可能与未诊断的医学和发育状况有关的遗传变异，探索长读长测序在未诊断罕见疾病中的应用。其它正在使用HiFi长读长测序作为罕见病诊断工具的研究项目包括：PacBio与雷迪儿童基因组医学研究所（RCIGM）合作开展的利用长读长全基因组测序诊断罕见疾病病例的项目（点击查看此前报道）；与Care4Rare Consortium合作进行加拿大未解决罕见疾病病例的研究项目；与新加坡KK妇女儿童医院合作开展的原因不明神经发育障碍研究；以及与加州大学洛杉矶分校健康中心开展的类似SickKids合作的研究项目。
UCI临床和转化科学副校长、临床和转化科学研究所所长Eric Vilain医学博士表示：“仍然有许多罕见病难以诊断，有效的治疗方法仍然难以捉摸。与Ambry Genetics和PacBio的合作，我们将加强对罕见病复杂性的理解，揭示传统技术难以揭示的见解，并在未来彻底改变诊断能力。这项合作的目的不仅是为研究中的家庭提供希望，而且为所有面临罕见病儿童的家庭提供希望。”
PacBio总裁兼首席执行官Christian Henry表示：“在过去的几年里，我们与世界各地领先的基因组学研究人员合作，推动科学界对罕见病基因组基础的理解。与GREGoR团队的合作项目代表了我们向前迈出的重要一步。我们希望通过与UCI的科学家和Ambry Genetics的遗传学家合作，不仅能够帮助家庭更好地了解罕见病的潜在原因，而且还能确定新的分析框架，从而加快其他实验室的这一进程。”
Ambry Genetics首席执行官Tom Schoenherr表示：“通过这次合作，我们将继续推进科学界对罕见疾病的理解，并支持参与本研究的患者和其他之前通过我们的Patient for Life项目进行测序的患者。这次合作是我们坚定不移地致力于卓越的基因组学和不懈追求创新的一个例子。自20多年前我们推出首个罕见病临床诊断产品以来，这一直是我们工作背后的动力。”
GREGoR联盟是由美国国立卫生研究院资助的一项合作项目，旨在通过先前基因组分析未给出答案的个体样本确定罕见病的潜在遗传原因，从而改变孟德尔疾病研究的格局。2021年7月，美国国家儿童医院获得美国国立卫生研究院国家人类基因组研究的1280万美元基金，用于建立PMGRC。PMGRC是参与GREGoR的五个基因组学研究中心之一。
参考资料：
https://www.pacb.com/press_releases/ambry-genetics-and-pacbio-announce-collaboration-to-sequence-up-to-7000-human-genomes-aimed-at-providing-answers-for-families-battling-rare-diseases/
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