当地时间1月13日，Illumina宣布启动一个蛋白质组学试点项目，将与deCODE Genetics、 Standard BioTools、Tecan、GSK、强生和诺华公司合作分析5万份英国生物样本库（UKB）的样本。DeCode Genetics将使用即将推出的蛋白质组学解决方案Illumina Protein Prep和NovaSeq X Plus系统来处理样本，使用DRAGEN蛋白定量算法进行数据分析。该蛋白质组学试点研究将有助于扩大对蛋白质组学的见解。
据Illumina官网介绍，Illumina Protein Prep解决方案由Illumina与Standard BioTools合作开发，可检测由11,000种SOMAmer试剂驱动的9000种独特人类蛋白质，使从样本到分析的蛋白质组学发现研究成为可能。该解决方案已与客户进行了早期有限试用，可检测6000种人类蛋白质，并与NovaSeq X、NovaSeq X Plus和NovaSeq 6000系统兼容，可在单一平台上实现多组学分析。预计Illumina Protein Prep解决方案将于2025年上半年推出。
该试点项目使用的5万个UKB样本，将与英国生物样本库制药蛋白质组学项目（UKB-PPP）的研究队列重叠。UKB-PPP是UKB与14家生物制药公司（包括GSK、强生和诺华）的单独研究合作，将利用赛默飞公司的Olink Explore HT亲和蛋白质组学分析和Ultima Genomics的UG 100测序平台，对所有参与者的血浆蛋白质组进行分析。
在5万份样本中，前3万份由Illumina、DeCode Genetics和Standard BioTools共同投资，Tecan为自动化合作伙伴提供支持。在最终数据经过质量控制后，UKB将立即向研究人员提供这3万个样本产生的数据，该工作预计将在2025年下半年完成。
根据UKB的标准惯例，对于另外2万个样本产生的数据，包括DeCode Genetics、GSK、强生和诺华在内的行业合作伙伴将有一段时间的独家访问权。在此之后，这些数据将由UKB提供给更广泛的科学研究团队。Illumina预计将有更多的公司加入该项目。
UKB首席研究员兼首席执行官Rory Collins表示：“该项目通过为5万名UKB参与者的血液样本提供额外的蛋白质组学分析数据，补充了UKB制药蛋白质组学项目的工作。越来越丰富的蛋白质组学数据将帮助研究人员绘制一幅更动态的全面图谱，了解个体的遗传、环境和生活方式如何共同影响不同疾病的发展。”
Illumina首席技术官Steve Barnard博士表示：“UKB数据为组学研究设定了参考数据集的标准，很高兴能够在这项试点研究中与整个医疗保健行业合作，因为我们准备推出Illumina Protein Prep。相信该试点项目将为研究界和制药合作伙伴提供一系列新的高质量、基于NGS的蛋白质组学数据，以促进生物学见解的发展。”
Standard BioTools首席执行官Michael Egholm博士表示：“蛋白质组学正在进入一个变革时代。迄今为止，人类健康的影响受到传统技术的限制。该项目标志着一个重要的里程碑，我们将基于DNA的SOMAmer的多路复用能力与领先的NGS平台无缝集成，并释放UKB的力量，以加速人类健康发展。"
同一天，Illumina还宣布与英伟达合作，将Illumina领先的测序技术和信息学工具与英伟达的人工智能技术相结合，以开发生物基础模型，共同推进临床研究、基因组学人工智能开发和药物发现的多组学数据分析和注释能力。
在与英伟达合作的第一阶段，Illumina表示将通过合作，在英伟达GPU上启用DRAGEN算法，以扩大Illumina多组学分析的可访问性。两家公司还将合作将英伟达的图像处理和单细胞三级分析工具整合到Illumina的Connected Software多组学模块中。
Illumina表示，公司将努力兼容英伟达Rapids加速数据科学软件，为专有数据集开发生成式人工智能模型和微调功能的BioNeMo平台，以及在Illumina Connected Analytics平台上用于空间细胞成像工作流程的MONAI。利用这些工具，客户将能够利用这些模型和自己的专有数据集来提高生物学相关任务的分析性能，例如细胞状态或基因转录预测。
Illumina全球软件和信息学负责人Rami Mehio表示：“在过去的20年里，Illumina已经实现了测序的快速发展，随着人工智能和多组学分析的进步，我们正在帮助客户能够为自己的应用获得新的见解。与英伟达的合作让我们更接近这一愿景，这也是我们承诺继续丰富分析和注释工具的一部分，为客户提供完整的工作流程解决方案。”
英伟达业务发展、医疗保健和生命科学全球负责人高级总监Rory Kelleher表示：“人工智能和数据科学将在基因组学中找到最深远的应用。将Illumina领先的测序和分析平台与英伟达的加速计算和人工智能相结合，我们将推动下一代基因组学注释，并通过人工智能洞察基因组学，加速药物发现和临床开发。”
1.https://www.illumina.com/company/news-center/press-releases/press-release-details.html?newsid=e246b707-1b47-4d28-8ea7-51d380977d3b
2.https://www.illumina.com/company/news-center/press-releases/press-release-details.html?newsid=845f124d-a4f0-4a9a-82b0-b55415993eee
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