近日，美国丹娜法伯癌症中心及其合作机构的临床医生公布的数据显示，对儿童脑癌进行基因组分析是可行的和临床有用的。这项研究发表在《Neuro-Oncology》杂志上，是迄今为止最大的一项在临床实验室中评估儿童脑瘤遗传异常的研究。

研究人员检测了超过200个肿瘤样本，发现大多数患者具有可能影响其治疗的遗传变异。更重要的是，研究中8名儿童实际上根据他们的测序结果接受了靶向治疗，随后在肿瘤进展期将有更多儿童得到治疗指导。

全面的基因组谱分析可改善患者的临床护理

这项外显子测序研究属于丹娜法伯名为Profile项目的一部分。Profile是一项前瞻性临床研究计划，使用一个称为OncoPanel的多重靶向外显子测序平台，在该研究进行时包括300个致癌基因，现已扩展到450个基因。

所有在丹娜法伯接受治疗的患者都受到了Profile项目的招募。如果他们同意，研究者将在CLIA认证的实验室中对他们的样品进行OncoPanel检测，以便他们的医生在需要时用该检测结果来指导治疗。

在这项儿童脑癌研究中，研究人员检测了2013年1月至2015年6月之间招募的203名儿童。他们收集了其中117个病例的OncoPanel结果，并对146名患者使用名为OncoCopy的临床微阵列比较基因组杂交（array-CGH）方法来评估拷贝数变化。

这其中60个样品同时接受了两种检测，这允许研究人员来探索两种检测组合使用是否比单独使用一种检测更强大。

结果显示，在接受OncoPanel检测的样品中，56%的基因异常在某种程度上具有临床相关性，例如影响患者的诊断，或其基因变异具有可用的靶向治疗药物。

另外，研究人员还鉴定出44种不同的癌症突变和20种重排。

有趣的是，两种检测组合使用被证明对髓母细胞瘤特别重要，OncoPanel和OncoCopy的组合在89%的病例中揭示出临床相关的异常。

更重要的是，该研究表明全面的基因组谱分析对于改善患者的临床护理是有用的。该结果是临床测序项目的关键目标——即通过证明基因组学可以作为癌症患者护理的标准程序来获得医疗报销。

在整个研究队列中，37名患者的肿瘤具有的一个突变，其治疗方法——一个小分子抑制剂正处在早期临床研究阶段。其中8名患者（22%）基于OncoPanel鉴定的突变接受了治疗。

这些发现还强调了多基因检测如OncoPanel相对于单基因检测方法的优势。例如，研究发现了不同模式的IDH1/2突变，这说明更广泛的基因组谱分析可以帮助区分成人和儿童弥漫性星形细胞瘤类型，它们具有显著不同的临床结果和预后。

参考文献：

Clinical targeted exome-based sequencing in combination with genome-wide copy number profiling: precision medicine analysis of 203 pediatric brain tumors. Neuro Oncol (2017) doi: 10.1093/neuonc/now294