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MIT科学家找到解开 DNA 扭结的“钥匙”,纳米测序更偏爱这种“结”

DNA作为经典的多聚长链分子,和自然界一切又长又细的物品一样, 具有自我成结的“特性”。这种DNA扭结也存在于活细胞中,但细胞也自带特异性的拓扑酶可以“解开”这种打结。近日,MIT团队借助DNA分子伸展技术,对 DNA 扭结进行成像观察,研究者们首次发现了一种生物机制,能决定 DNA 扭结在核酸链上的移动或静止状态,进而提出了一种新方法,可解开细胞外DNA的扭结

主要研究者、MIT 化工专业教授 Patrick Doyle 表示:“我们的研究证明了同一个 DNA 分子上的扭结可以从静止转变为移动状态。一旦你改变环境,扭结就停下来;同理也可以让静止的扭结重新动起来。”这一发现提供了解开 DNA 扭结的希望,不仅可以帮助研究者们提高某些基因测序技术的精确性,还能促进 DNA 扭结的形成,减慢 DNA 分子通过测序系统时的速度,从而提升测序技术的能力

多年来 Doyle 与其学生一直致力于高分子扭结的物理学研究。而拥有较大分子量的 DNA 在显微镜下相对容易观察,再加上其本来就很容易“打结”的特性,自然成了完美的研究对象之一。

研究团队先让 DNA 缩成‘小球’,然后将其拉伸开,便会形成许多大结,“绳结”形成后,研究者们利用自行设计的特殊微流体系统对其展开研究。T 形的液体通在分叉两端加上了不同方向的电场,因此处于交叉口的的 DNA 被均匀的力量拉向“T”形两臂,使其停留在原地。

MIT 研究团队发现,改变电场强度可以操作被电场“钉住”的 DNA 分子上的扭结:当电场较弱时,扭结会沿着核酸链向末段移动,最后被拉开。

德克萨斯大学奥斯汀分校的化学系教授 Dmitrii Makarov 表示,这项研究首次证明DNA 扭结就像日常中宏观的绳结一样能在张力下被固定。此实验也为分子水平的摩擦力提供了重要启发,因为我们至今仍对该现象缺乏足够了解。”

DNA 扭结同样存在于活细胞中,而细胞也自带特异性的拓扑酶专治这种打结。该 MIT 团队由此提出了一种消除胞外 DNA 扭结的简易方法,对 DNA 分子施加电场,直至扭结自行移至长链端头被解开。

一种名为纳米通道图谱(nanochannel mapping)的 DNA 测序也许能从中受益。该测序技术需要将 DNA 沿着狭窄的管道伸展以测量两段序列间的距离,可以显示大规模的基因组改变,如基因拷贝重复、染色体间基因移位等等,然而 DNA 扭结影响了数据的准确性。

另一种 DNA 测序方法——纳米孔测序(nanopore sequencing)则更偏爱 DNA 上的“绳结”,因为这可以减慢 DNA 通过测序仪时的速度,反而提高了测序信息的准确性。

当然,这一方法也能应用到其他类型高分子的“解结”中,比如塑料高分子,因为扭结会显著降低材料强度。

现在研究团队正在探究与扭结相关的其他现象,包括如何解开更加复杂的打结,以及同一分子中两个结之间的相互作用等。也许等到研究对象足够复杂时,我们就有希望去对付那些让人崩溃的耳机线了。

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