二代测序临床实验室的质量管理体系和整套标准化操作规程是开展精准诊疗的重要基础。为帮助相关临床实验室应用二代测序方法顺利进行性能确认，2018年5月26日，由测序中国主办的“二代测序临床实验室性能确认研讨会”，在北京中科院计算所顺利召开。

本次研讨会上，众多NGS研究应用领域的资深企业专家及学者亲临现场，卫生部临床检验中心副主任李金明，Illumina生信和基因应用合作关系部高级经理庄涵宇，燃石医学首席技术官张之宏，安诺优达生产运营总监洪燕，基准医疗CEO范建兵出席了本次会议，并就NGS临床实验室的性能确认等进行了经验分享和热烈讨论。

庄涵宇博士

在经验分享环节，Illumina生信和基因应用合作关系部高级经理庄涵宇博士做题为“迈向精准医学NGS的临床重复性探讨”的报告。庄涵宇介绍分析了影响变体识别敏感性和特异性的一些因素，并列举了工作流程的验证中的注意事项，如样本重现性、检测限制、上样量与测序深度等，并以TruSight® Tumor 170为例进行了详细讲解。她表示，Illumina正在与FDA合作建立测序质量控制的标准化流程，并与各实验室共同努力，希望能够成为标准化流程的领导者。

张之宏博士

燃石医学首席技术官张之宏博士的报告题为“二代测序实验室性能确认，朗克TM人肺癌13基因突变联合检测”。张之宏简要介绍了燃石医学的概况和负责研究项目情况。随后，他详细讲解了燃石医学的检测流程和生信分析流程，并以朗克TM人肺癌13基因突变联合检测产品性能确认为案例，为大家分享了相关产品实验室性能确认的规范流程和注意事项，受到了在场嘉宾的一致认可。

洪燕博士

随后，安诺优达生产运营总监洪燕博士，为大家带分享了“NIPT检测过程中关键指标的性能确认”相关信息。NIPT是二代测序临床应用的成功典范，洪燕针对NIPT检测项目性能确认的总体思路和关键指标的性能确认进行了细致的解答，还针对胎儿浓度的标准方法、阳性质控品等性能确认过程中面临的问题与挑战进行了分析讨论。

范建兵博士

基准医疗CEO范建兵博士的报告题为“如何开展临床试验室NGS方法学的验证”。报告中，范建兵介绍了实验室性能确认依据的国内外法规和参考文献，并从实验和生物信息角度，阐述了基准医疗利用NGS方法进行临床实验室方法学验证的14个方面。范建兵认为，计算机模拟数据参考品仅限于评估NGS的生信分析过程，无法取代真实参考品检测数据，仍需进行实验方法学性能确认。

李金明主任

在经验分享环节的最后，李金明主任对报告进行了简要的点评。李主任表示，虽然我国很多实验室都在应用NGS，但各实验室对其内在的质量管理与规范标准的认识仍存在局限性。因此对国内的NGS测序实验室进行规范化、标准化培训非常重要。如何进行性能确认、怎样做质量管理，确保每个步骤的精准，都要进行全面的总结。NGS临床实验室性能确认，要通过严格的实验室质量管理和质量控制实现，包括后续的运行性能确认和生物信息分析，这需要我们共同讨论和努力推动。

难点讨论环节

在李金明主任的主持下，研讨会进入了性能确认难点探讨环节。李金明主任提出，在NGS临床实验室性能确认过程中，无论是全基因组检测还是单基因检测，最大的难点是什么？

张之宏博士认为，NGS本身是一个高通量测序技术，检测数据结果很复杂，多数情况下并不针对单一的基因进行检测。而进行基因检测诊断，需要足够的实验数据证据，那到底要进行多少实验，达到多大的覆盖度才能得到足够的数据？而且作为临床实验室，如果仅报告几个位点就可以说是全覆盖，但如果进行NGS或者全基因组检测的话，如何保证位点全覆盖？这是需要深入思考的。

庄涵宇博士表示，如果全基因组测序的价格降到100美元，最困难的还是如何证明基因组的检测质量，保证每个位点的准确有效和代表性。这需要标准品和生物信息的共同支持。还有位点分类问题，这需要足够有效的数据支撑，在技术层面都不可能实现的情况下，更不用说进行实验验证了，因为不可能验证每个位点。

在临床检测中，会有很多意义未明的突变点，我们希望能够在科研的基础上，推进突变位点与疾病的相关认证，做后续临床有效性研究借鉴的参考位点，这也在促进大家共享基因数据。并且目前的大多数据都是国外人群的数据，咱们国内的数据收集分析，还需要相关管理部门和企业共同努力。

洪燕博士表示，关于性能确认的难点，一方面就是标准问题，尤其在临床样本获得困难的时候，我们以怎样的标准确认产品方法的准确有效性？我们如何得到最接近临床样本状态的阳性质控品？另一方面，对于临床意义未明的基因突变，如何进行有效的临床指导的问题。在临床实践中，针对某一疾病的基因检测，除了一些专家共识和指南上明确的基因突变外，还会有一些无法明确的位点。NGS技术非常强大，检测信息量也很大，对于新发现的位点突变如何看待和确认，又如何进行筛选应用？

范建兵博士认为，临床实验室性能确认首先要明确临床适用性问题，比如NIPT，基于以前的经验积累，可以借助NGS技术踏入市场。很多疾病如癌症、罕见病等都有了明确的NGS指南，但是如何保证检测的覆盖度和准确性，又如何保证监控部门的监控政策符合临床需求？

另外，我觉得最大的问题还是标准化。美国与中国不可能使用完全一样的标准品，应为存在基因种族差异，中国应该有一套自己的标准品。另外，在不同研究项目上，也存在标准品设定问题，比如，目前国内外都比较火热的甲基化研究，大家使用的只是自己认定的标准品，但并没有真正的标准品出现。这是应该尽快推进的一项工作。

李金明主任对讨论进行了总结，第一，变异位点确认、验证困难问题，尤其是新发现的临床意义未明突变位点。我们不可能验证确认每一个突变位点，但一定要选择典型的、有临床意义的进行验证。第二，对于有临床意义基因突变的检测能力和测序深度把控问题。我们首先要确认检测目的，明确临床价值，是疾病筛查、NIPT筛查还是肿瘤诊断，然后明确检测的位点以及要报告的位点。还要加强实验室与临床医生的沟通，收集数据信息和效果。第三，标准品问题，基因检测量对检测方法的通量和准确性都有很高的要求，除了标准品的选择，标准品自身的质量控制也很关键。

刚刚范建兵博士提到了基因的差异问题，确实基因也有自己的国籍。目前我们使用的很多基因突变信息来源于国外数据，而我们中国自己的人群数据需要实验室和临床共同努力。但现在国内的很多地方实验室与临床存在很大的脱节，也很不统一。基因检测的灵敏度很高，而样本的有效时间有限，所以需要实验室与临床有良好的沟通方式和渠道，而且样本的采集方式和质量控制都会对检测数据造成影响。

李主任表示，NGS性能确认过程中，所有涉及环节都是一个整体，方法和指标日新月异，所以性能确认和临床意义也要随着完善进步。这要依据数据库和临床意义来进行，也需要各相关机构、实验室和企业共同努力。

在最后的提问环节，多位观众提出了在实验室性能确认过程中遇到的一些问题，各位专家都进行了经验分享和热烈讨论。

会议现场